广州中医药大学第三附属医院前身为广州中医学院附属骨伤科医院，创建于1985年；1993年广州中医学院骨伤科研究所成立并挂靠医院；1994年经国家中医药管理局批准为全民所有制事业单位（经费自理）；2001年广州中医药大学与广州市荔湾区（原芳村区）人民政府签订协议，以原芳村区中医医院与广州中医药大学附属骨伤科医院为基础组建广州中医药大学第三附属医院；2005年加挂广州中医药大学第三临床医学院牌子，是广州中医药大学博士后流动站和研究生、本科生教学机构。2014年底龙溪新院区I期工程顺利落成，
2015年1月起投入使用，同年10月通过国家中医药管理局三级甲等中医专科医院等级评审。2018年2月，经省编办核准，正式更名为广州中医药大学第三附属医院（广州中医药大学第三临床医学院、广州中医药大学附属骨伤科医院、广州中医药大学骨伤科研究所），下设2个分支机构：骨伤科分院、芳村分院，为公益二类财政补助事业单位。2019年12月通过三甲复审。2021年经省委编委领导批准，同意广州中医药大学骨伤科研究所更名为广东省中医骨伤研究院，仍在我院挂牌。