灌云县疾病预防控制中心是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的财政全额拨款的公益性事业单位。灌云县卫生防疫站成立于1956年5月，根据国家卫生体制改革要求，撤消原县卫生防疫站、县皮肤病防治所重新组建，2003年12月28日正式挂牌成立灌云县疾病预防控制中心，占地面积6900平方米，建筑面积646平方米，其中业务用房1800平方米。承担全县急慢性传染病等疾病的预防控制、公共卫生技术服务、健康教育以及预防医学研究等职能，为政府防治重大疾病提供决策依据，是全县卫生防病的专业机构和技术保障机构。中心内设办公室、急性传染病防治科、慢性传染病防治科、慢性非传染病防治科、卫生检验科、质量管理科、健康教育科、门诊部（结核病防治所）、预防性健康检查中心等九个科室。2011年现有职工59名，其中中高级卫技人员24人。拥有气相色谱仪、生化分析、酶标仪等千元以上仪器设备百余台件。
中心干部职工发扬“团结、理解、奋进、奉献”的精神，认真履行疾病预防控制与公共卫生服务等职责，充分发挥技术保障作用和业务指导作用，在硬件建设、防病业务、监测能力、科教兴医等方面有了很大提高。科学研究及对外交流取得了丰硕成果，近年来，先后与上海复旦大学合作开展了“中国农村地区耐药结核病社会学和分子生物学研究”项目、与省疾控中心合作开展了国家科技部课题“突发化学中毒事件第一现场处置关键技术研究”的研究项目“江苏省正常人群重要化学物生物监测参比值调查”课题，完成市级科研课题一项，引进新技术、新方法41项，在国家、省、市级刊物或会议上发表交流论文300余篇。
灌云县疾控中心在系统历年目标考核中都名列前茅，先后被江苏省卫生厅评为“全省疾病预防控制工作先进集体”；2003年-2008年三个周期被连云港市委市政府授予“文明单位”；被市两次授予“服务明星单位”及“市青年文明号”、“先进基层党组织”、“卫生行风先进集体”、“救灾防病先进集体”等称号。
灌云县疾控中心以创造一流业绩、保障全县百万人民健康为己任，坚持“日常工作创优，重点工作确保，难点工作突破”的工作准则，积极应对日益变化复杂的疾病控制工作，全面落实预防控制措施，有效提升疾病防控与应急能力，实现了疾病预防控制机制的高效运行，为保障全县百万人民健康，促进地方经济发展作出贡献。