复旦大学附属儿科医院启东分院、启东市妇幼保健院是南通市首家、江苏省内目前单体规模最大的县级妇幼保健院，系正科级公益性事业单位，是以妇女儿童为主要服务对象，集“医、教、研、防、管”为一体的三级妇幼专科医院，由启东市城市建设投资开发有限公司出资举办。医院坚持“保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的工作方针，不断提高妇幼健康服务公平性与可及性。医院位于启东市汇龙镇金沙江路2号，占地面积150亩，建筑面积9.5万平方米，总投资10亿元。
医院是复旦大学附属儿科医院启东分院，依托上海各大三甲医院的优质医疗资源，最大限度地满足妇女儿童全生命周期的健康需求。医院牢固树立“一切为了妇幼健康”的服务宗旨，以“建树基层妇幼保健典范，呵护妇幼全人全程健康”为使命，坚持“技术立院、文化塑院、人才强院、科教兴院”的办院理念，借助总院国家儿童医学中心的技术优势和辐射影响力，强力推进启东儿科学科建设。与复旦大学附属妇产科医院合作打造优势品牌，逐步建立规范化妇科微创、盆底疾病、宫颈疾病、妇科肿瘤以及妇科内分泌等诊疗中心，并合作建立生殖中心。与复旦大学附属肿瘤医院合作打造甲乳外科品牌。对外合作引进超声、病理等优秀专业技术团队，建立实时远程医疗模式，开展远程会诊、远程查房、远程教育等。
医院建立新型运行机制，设置了妇女保健部、孕产保健部、儿童保健部、计划生育部以及相配套的门诊和住院服务，形成“大专科、小综合”模式。规划设置床位500张，设置妇科、产科、儿科、儿外科、妇女保健科、孕产妇保健科、儿童保健科、计划生育科、内科、外科、影像、病理等19个一级临床医技科室。配备了核磁共振、螺旋CT、数字减影血管造影机、乳腺钼靶X光机、妇产四维彩超等先进医疗设施，为开展妇女儿童医疗、保健、康复等临床业务提供了强有力的保障。
医院开设消化、呼吸、内分泌、新生儿科、NICU、PICU等儿科亚专科，逐步建设儿外科，两年内创建南通市级临床重点专科、五年内创建省级重点专科，积极建设新生儿危急重症救治中心、新生儿疾病筛查中心、0-3岁儿童早期发展省级示范基地。力争五年内建成三级乙等妇幼保健院，努力成为苏中领先、省内一流、全国知名的妇幼友好型健康服务基地。