新华医院占地面积261亩（含奉贤院区约152亩），总体建筑面积25.6万平方米，学科设置齐全，特色鲜明，共有内、外、妇、儿等临床、医技科室及诊疗平台60个，开放床位数2450余张，在职职工3940余人，其中医护人员2840余人。是全市三级医院中唯一一所同时拥有围产和完整儿科亚专业的综合性医院，为首批国家级儿童早期发展示范基地。
新华医院建设有设施完备的急诊大楼、门诊与内科大楼、外科大楼、医疗保健综合楼、儿科综合楼、小儿外科大楼、妇儿楼、口腔皮肤科楼和医技楼，为病人提供了舒适的就医环境。TOMO、达芬奇手术机器人、PET-CT、DSCT（双源CT）、SPECT、LA、DSA、MRI、集成激光超声介入系统、氩氦低温手术系统、移动式术中磁共振成像系统、高压（低压）氧治疗舱和准分子激光等医疗设备确保了诊断和治疗的质量。
医院普通外科、心脏大血管外科、小儿外科、急诊医学科、耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、儿内科小儿呼吸专业、中医儿科、检验科和临床药学等10个学科位列国家临床重点专科建设项目。上海·中国遗传医学中心新生儿筛查和遗传代谢部、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市危重新生儿会诊抢救中心、上海市产前诊断中心、上海市儿童听力障碍诊治中心、上海市新生儿先天性心脏病筛查诊治中心、上海市罕见病诊治中心、上海市儿童罕见病诊治中心等9个省部级诊治及抢救中心，以及8个上海交通大学诊治中心设置在新华医院。
上世纪50年代，新华医院成功进行了我国第一例婴儿心内直视手术，80年代，成功进行我国第一例连体儿分离术。此外，医院还在国内率先开展了白内障囊内冷冻摘除术、先天性巨结肠根治术、先天性多囊肾专项减压术，首先应用酶有道剂治疗体原性黄疸，在国内率先实施驼背脊柱侧弯矫治术，率先开设小儿哮喘专科门诊等。在医学科研发展、服务创新进步的道路上，新华医院始终没有停下探索的脚步，薪火相传，不断前行。
新华医院拥有环境与儿童健康教育部和上海市重点实验室、上海市小儿消化与营养重点实验室和上海市儿科医学研究所等国家及上海市重点学科或研究基地共计12个。近年来共获得省部级以上科研奖项20项；国家百千万人工程、教育部新世纪人才、上海市领军人才、上海市优秀学术带头人等市级以上人才项目144项；国家级科研项目324项，发表SCI文章1431篇。设有新华临床医学院以及上海交通大学医学院临床医学系、临床营养系、儿科学系、耳鼻咽喉科学系四个医学教育学系，现有博士生导师94名、硕士生导师138名。医院主办的专业学术期刊《临床儿科杂志》和《教育生物学杂志》被多家国际检索数据库收录。
2015年，新华医院正式成立临床研究中心，该中心是上海第一家基于医院的临床研究系统化支撑创新平台性机构，与加拿大渥太华大学医学院和美国哈佛医学院深度合作，汇聚医生、临床流行病学家、临床药师、统计学家，遵循国际化的科学水平和伦理标准，搭建了临床研究的协作网络，推动临床研究项目的质量提升，并为临床医学研究成果的转化提供规范化途径，充实了临床研究人才库。
在临床研究中心的支撑下，依托上海交通大学医学院生命早期健康研究院，“千天计划”——国内首个探索人类重大发育源性疾病的航母级临床研究项目已取得初步进展，该项目在生命早期健康领域的研究成果将有力的推动我国妇幼健康以及相关政策的决策科学水平迈上一个新台阶。
新华医院按照上海市郊区新建三级医院“5+3+1”项目的部署，自2009年起全面负责崇明三级医院创建工作，带领分院成功通过三级医院评审，并成为国家肿瘤规范化诊治试点医院，以新华崇明分院为核心的专科专病医联体建设取得成效。新华-崇明一体化管理、同质化发展的改革模式得到国家卫生计生委的充分肯定和高度评价。2018年起，国务院医改办和上海市政府共同委托新华医院牵头建设“健康版”新华-崇明区域医疗联合体改革试点工作正式启动，以医保支付体系改革为支点，逐步从“大病不出岛”到“健康少生病”的转变，积极探索上海市及全国医联体建设的新路径。
在建中的“十四五”重点规划项目——新华医院奉贤院区，占地152亩，总床位1200张，一期工程建筑面积约13.5万平方米，床位600张，将于2024年12月竣工。届时，新华医院将形成“一体两翼、智联互通、平台支撑、学科融合”的总体发展格局，为长三角一体化国家战略提供助力，为奉贤新城建设规划发展提供支撑，为改善郊区民生提供依托，为加强医教研联动提供动力。
医院还先后牵头成立了北部儿科医联体（覆盖杨浦、虹口、宝山、崇明四区）和新华-杨浦医疗联合体，形成了以新华为龙头、以二、三级医疗机构为平台，以社区卫生服务中心为延伸的格局，将优质医疗资源辐射到社区，在推动分级诊疗实施中发挥积极作用。
在全国和上海市抗击新冠肺炎疫情的工作中，主动承担公立医院社会责任，分批多次派遣医务人员援鄂、援公共卫生中心，平稳运行长兴人民医院定点救治医院、长兴岛临时集中隔离收治点、花博园复兴馆临时集中隔离收治点，参与国际航班医疗保障工作和全市核酸检测工作。在疫情最吃紧的时候，院内7路生命救治线始终坚守岗位、保持畅通，传承新华人“爱民惠民，守护健康”的办院宗旨。获上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体、个人。
医院在滇、疆、藏等各地扎实开展各项对口支援工作，受上海市委、市政府委托，负责统筹协调“喀什地区第二人民医院重点学科建设项目”，喀什第二人民医院2015年通过了自治区三级甲等医院评审，打造成为南疆医学中心。医院于2010年3月与云南省保山市龙陵县人民医院建立了长期对口支援关系，因出色表现被授予“全国城乡医院对口支援工作先进集体”称号。医院普外科积极响应医疗援藏精准帮扶的号召，自2017年起实行“以院包科”，支持日喀则市人民医院创建“三级甲等医院”，获全国脱贫攻坚先进集体称号。医院自60年代起参加我国首批援外医疗队后，优良传统延续至今，上海援摩医疗队和援老挝医疗队始终有着新华人的身影，发扬了不畏艰难、救死扶伤和忘我奉献的精神。
医院与美国、法国、加拿大等发达国家的顶尖医院和科研机构长期保持友好交流与合作关系，加强在重点医疗领域的人员交流和学术合作，以项目为依托深化国际交流与合作，支持与协助新华-渥太华大学医学院临床研究国际合作项目、新华-哈佛多学科合作项目、儿童实体肿瘤团队与澳大利亚临床研究合作项目等进入新阶段。始终以“共享、共赢、共发展”为理念指引，努力加强沟通、交流与合作，夯实并拓展可实际落地的协作领域，形成点面结合的网格化的国际学术交流布局，以国际化视野助推医院医、教、研全面发展。
新华始终坚持公益性办医方向，积极推动区域儿科医疗的均质化发展，推动了儿科分级诊疗体系的初步建立。新华-市东医联体建设荣获上海市“创新医疗服务品牌”。新华医院联盟从成立至今已有成员单位29家，逐步从松散型合作走向了深度重点合作的模型。在此基础上，牵头建立的全国综合性医院儿科联盟、长三角儿科医学创新联盟，基于联盟平台开展的“千天计划”成果逐增，将继续尝试向互联网转型，使新华品牌在互联网端得以进一步传播。