上海市临床检验中心是上海市卫生健康委员会授权开展全市医疗机构临床实验室质量监管、指导和服务的技术支撑单位，前身是始建于1871年的公共租界工部局小型卫生试验室。1926年成为上海市公所卫生试验所（后更名为上海市卫生局卫生试验所）。1953年在食品卫生检验和药品检验的基础上分别发展成为上海市卫生防疫站和上海市药品检验所，生物制品检验业务则并入上海生物制品研究所。1954年1月将医学检验部分与数家私人化验所合并，成立上海市立医学化验所。1955年建立了中心血库。1971年医学检验部门并入上海市第六人民医院，中心血库并入上海生物制品研究所。1979年1月上海市医学化验所恢复。1984年成为WHO试剂生产合作中心。1985年8月更名为上海市临床检验中心。1999年1月成立上海市临床检验质量控制中心，是上海成立最早的专业质控中心之一。中心位于上海市浦东新区洪山路528号，总占地面积9932平方米，建筑面积7510平方米。
中心现有人员编制121人，博士生导师1名，硕士生导师2名，硕士以上学位45名，高级专业职称22名。迄今共有6名高级专家获国务院特殊津贴。下设行政职能部门及业务科室15个，附设《检验医学》杂志编辑部、上海市伊华医学科技有限公司。
自2002年6月中心建立的检测实验室质量管理体系（导则25）获得中国实验室国家认可委员会（CNAL）初次认可后，2004年质量管理体系转化为ISO17025并持续改进，于2017年2月通过了中国合格评定国家认可委员会（CNAS）复评审，维持72个检测项目的技术能力。
2011年11月，中心获国际临床化学联盟（IFCC）认可，被正式确立为IFCC糖化血红蛋白（HbA1c）一级参考实验室，这是继欧美日12家实验室之后第一家发展中国家的实验室，也是中国第一家检测一级参考实验室。
2012年9月，中心建立的能力验证提供者（PTP）质量管理体系（ISO17043）获得CNAS初次认可，2016年3月通过复评审，2016年开展295项室间质评项目，其中118项为认可项目，现正申请扩项评审。
2013年10月，中心建立的参考测量实验室质量管理体系（ISO15195）获得CNAS初次认可，获认可的7个酶学项目为：丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天门冬氨酸氨基转移酶（AST）、α-?淀粉酶（AMY）、肌酸激酶（CK）、γ-?谷氨酰基转移酶（GGT）、乳酸脱氢酶（LDH）、碱性磷酸酶（ALP）。2017年2月复评审，增加认可项目为肌酐（Cr）和糖化血红蛋白。
2017年8月，中心成为检验医学溯源联合委员会（JCTLM）成员单位。中心获得检验医学溯源联合委员会（JCTLM）的认可，项目包括肌酸激酶（CK）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）、乳酸脱氢酶（LDH）、γ-谷氨酰基转移酶（GGT）、淀粉酶（AMY）、碱性磷酸酶（ALP）、糖化血红蛋白（HbA1c）和肌酐（Cr）共9个。
中心是上海市交通大学医学院教育实践基地，同时也与上海市健康医学院合作，是“华东地区检验人才培养联盟”的牵头单位。
自2011年起，中心连续三届光荣获得“上海市文明单位”称号。