元谋县中医医院始创于1993年12月10日，建院之初医院位于元马镇龙井街坡头，占地面积仅481㎡，职工仅有15人。1998年因业务发展需要，医院搬迁至元马镇凤翔街1号，占地面积4984.9㎡，建筑面积4804.43㎡。随着人民群众对中医药健康服务需求的不断扩大，在县委政府及各部门的关心帮助下，医院积极争取到了省、州、县十三五期间建设的中医院整体搬迁建设重点项目，项目于2015年12月动工，2019年4月医院顺利整体搬迁至元马镇福源街，占地总面积60亩，建筑总面积29000㎡。经历3次搬迁，医院逐步发展成为了一所以中医诊疗为优势，集医疗、教学、康复保健为一体的非营利性二级甲等中医医院。先后被评为“全国农村中医药工作先进县建设单位”、获“云南省中医工作先进集体”荣誉称号。2011年、2014年医院骨伤科和针灸推拿科分别创建为省级重点专科、妇科创建为州级重点专科，2017年急诊科创建为省级中医药发展专项项目；同年，建立了云南云岭名医包可专家工作站；2018年通过二级甲等中医医院复审；与楚雄州中医医院建立了紧密型医联体，2019年获批建立了云南省王琳专家基层科研工作站，2020年首批通过云南省县级中医医院综合服务能力提升达标验收，2021年获批建立了李代琼、文雄省级基层名老中医专家工作室，2022年顺利通过大型医院巡查，医院康复科、妇科创建为省级中医特色专科，建立了全县唯一公立医院精神病专科，与楚雄州第二人民医院建立了精神病专科联盟及段志荣专家团队工作站，2023年通过第二轮二级甲等中医医院复审，建立了云南中医药大学陈林兴专家基层工作站和云南省中医医院杨恩品专家基层工作站。是云南中医药大学、楚雄技师学院、楚雄医药高等专科学校教学、实习医院。通过全院职工的不懈努力，医院逐步发展成为具有鲜明中医药特色的现代化中医医院。
医院现有职工235人，编制床位300张。全院设急诊科、内科、外科、骨伤科、针灸推拿科、康复科、妇科、口腔科、肛肠科、治未病科、精神科、麻醉科12个临床科室和特殊病慢性病门诊、专家门诊；设置检验科、输血科、功能科、药剂科4个医技、药剂科室；设置院办、党建办、医务科、护理部、感染管理科、设备科、财务科、煎药室、后勤科、供应室、病案统计室、网络管理信息科等职能科室10余个。
购置有16排32层螺旋CT、口腔CT、多功能直接数字X线摄影系统（DR）、彩色多普勒超声设备、奥林巴斯胃肠镜、关节镜、全自动生化分析仪+化学发光流水线、动态心电血压监测仪、冲击波、阿基米德悬吊、C臂、腹腔镜、钬激光、妇科治疗仪、腰椎间盘突出复位机、呼吸机等先进诊疗设备一批，医院综合服务能力显著提高，医疗服务设施及就医环境明显改善，群众满意度持续提高。
为加强对元谋县中医医院凤翔街老院国有资产管理，充分发挥国有资产使用价值，确保国有资产保值增值，也为了方便广大群众患者就近看病就医，2022年4月我院对凤翔街老院门诊进行了装修使用，开设了针灸推拿科、中医特色门诊、治未病科、口腔科等科室。2023年3月实施了凤翔街老院住院楼“元谋县中医药适宜技术推广中心”装修改造项目，集中开展推拿、按摩、中药熏蒸、中药熏洗、中药封包、小儿药浴、成人药浴、妇科盆底康复等特色诊疗项目，欢迎广大患者前来体验。
元谋县中医医院始终坚守行医初心，以人为本，优质服务，积极响应县委政府“绿色康养”战略方针，弘扬中医药文化，发展中医药事业，为全县广大人民群众健康保驾护航。