南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）成立于1988年12月，为江苏省针灸推拿医院、江苏省第二红十字中医院、江苏省第二中医院互联网医院、南京中医药大学第二临床医学院，也是江苏省涉外教学医院。医院本部位于南京市河西地区，是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的公立省级综合性三级甲等中医院。
医院核定床位1500张，现开放床位600张，配备有西门子3T高端磁共振、128排CT、三维彩超、超声电子支气管镜等国内先进医疗设备。医院汇集全国、江苏省名老中医、全国老中医药专家学术经验继承人、全国中药特色技术传承人才、国家优秀中医临床人才、江苏省“333工程”培养对象、“六大人才高峰”高层次人才等专家人才，其中，高级职称173人，研究生以上学历233人。医院获批多项国家自然基金、江苏省自然基金、江苏省中管局专项课题，年度发表多篇SCI、中文核心、科技核心等学术论文。医院被南京中医药大学国教院评为“优秀境外生临床教学基地”，是博士后培养基地、江苏省省级文明单位。
医院临床科室齐全，开设了包括内、外、妇、儿、骨伤、针灸、推拿、康复、急诊等38个临床科室，设立了医学影像科、医学检验科、药学部等11个医技检查科室。医院国家中医药管理局重点专科建设单位1个、江苏省中医药管理局重点学科1个、省级中医重点专科6个。医院设立国家级、省级名老中医药专家和师承指导老师王灿晖、汪建民、李玉堂、顾兆军、郑亮等传承工作室8个，成立内科、外科、妇儿、针推康复、诊断技能、护理、药学、中医骨伤科学、急危重症医学等9个教研室。
医院遵循中医药发展规律，传承精华，守正创新，传承发展温病、澄江等中医学派，在肺病、脾胃病、针灸、骨伤、脑病、康复等方面，已形成了别具特色的中医治疗优势。注重突出中医药特色，继承创新和发展中医特色诊疗和护理技术，引进开发了督灸、穴位注射、穴位敷贴、耳穴、足浴、刮痧、艾灸、针刺疗法、胸腔局部中药注入、药膳等多种中医特色疗法。
医院“卒中中心”为国家卫生健康委脑卒中防治工程委员会建设单位，与“胸痛中心”同为区域性中心，并推行一体化MDT诊疗模式，相继成立创伤中心、急诊中心、血液净化中心、骨伤科康复中心、盆底疾病治疗中心、耳鼻咽喉诊疗中心等。
医院以南湖本部为“主体”，以“北圩路门诊部”和“涟城健康管理中心”为“两翼”，全面构建医院“一体两翼”新布局。北圩路门诊部毗邻万达商圈，周边居住区云集，靠近地铁2号线云锦路站，位置优越，交通便利，设有名中医诊室、口腔科、耳鼻咽喉科、整形美容外科，就医环境清新、人性化设施齐全、特色鲜明。涟城健康管理中心地处建邺区与雨花区交界处，毗邻虹悦城商业中心，提供专业的一站式健康体检、慢病管理、中医养生和亚健康中医调理服务。医院在南京市马鞍山路设有特色门诊部，并与南京市建邺区、雨花台区等多家社区卫生服务中心建立医联体。目前，医院新院区正在按计划筹建中。
为弘扬中医康复特色，医院于建邺区南湖路24号创建中医康复中心，2021年6月9日试运营，6月19日正式启用。中医康复中心总体项目共6层，总建筑面积约6000平方米，包括运动康复中心、脊柱康复中心、骨关节康复中心、神经康复中心、心肺康复中心、盆底康复中心等治疗专科，分为评估区、物理治疗康复区、作业治疗康复区、言语治疗康复区、针灸推拿康复区及盆底康复中心等六大区域。中医康复中心整合康复科、针灸科、推拿科、骨伤科、脑病科、肛肠科、妇科、泌尿外科等学科专业技术人才，以中医传统康复与现代康复技术相结合、中西医并重，在专业性分工合作的基础上，可在运动系统疾病、神经系统疾病、心肺疾病、老年性疾病、盆底功能障碍性疾病及其他慢性疾病等的预防、保健和康复治疗上，为医联体单位和区域内外居民及各种医疗需求者提供全方位全周期规范、高层次、多样化的中医药医疗、康复、养生等系列优质服务。
作为江苏省卫健委首批授牌的互联网医院，所有医务人员全天候向患者提供线上问诊服务，实现电子处方流转和药品线下配送。依托互联网医院平台推出具有鲜明中医特色的慢病管理项目，如“高血压病”“糖尿病”“慢性阻塞性肺病”等，提升了患者自我认识和管理疾病的能力。医院推出线上预约、线下上门的中医特色护理项目，为周边行动不便的老百姓送去贴心温暖。
医院始终秉承“宏德博识、济世佑生”的院训和“以人为本”的核心价值观，以“建设国内知名、有特色、高水平现代化综合性中医院”为愿景，以“质量强院、人才兴院、特色建院、学术引领”为发展战略，以“名院、名科、名医、名术、名方”五名工程为抓手，坚持中医为本的办院方向和中西并重的发展道路，倡导“学术强院、学术建院”，推动医院由“临床型医院”向“研究型医院”“学习型医院”转型，通过不断加强内涵质量建设、中医药特色建设和人才队伍建设，医院综合服务能力快速提升。
在上级党委领导和医院党委班子的坚强领导下，医院全体职工将始终坚持不忘初心、牢记使命，开拓创新、真抓实干，对照“大学附属医院”“省级三甲医院”建设标准，全面推进医院建设高质量跨越式发展。