舟山市疾病预防控制中心是在原舟山市疾病预防控制中心和舟山卫生监督所的基础上，于2023年12月因疾控体系改革而合并组建的直属于舟山市卫生健康委员会（舟山市疾病预防控制局）的公益一类事业单位，承担全市传染病监测预警、疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、健康教育、科研培训、健康危害因素监测与干预以及疾病病原生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价等工作；承担公共卫生、医疗卫生等监督执法工作；负责对医疗机构传染病防控工作的巡查监督。

中心核定事业编制 81 名（含参照公务员法管理事业编制30名），目前在编人员76人（含参公26人），在编事业人员中高级职称15人，博士2人，硕士研究生24人。内设党建办公室（纪检监察室）、综合办公室等5个职能科室和传染病防制科等13个业务科（所）。

中心拥有多重致病菌质谱仪、全基因测序仪、全自动细菌鉴定仪、荧光定量PCR仪、液质联用仪、三重四级杆气质联用仪、液相-电感耦合等离子体质谱联用仪等一大批先进的实验仪器；建有“浙江省海产品健康危害因素关键技术研究重点实验室”、“环境健康影响因素检测技术研究中心”、艾滋病确证实验室、PCR实验室等专业实验室，与英国卫生防护中心、澳大利亚格里菲斯大学、美国俄克拉荷马大等国外机构长期保持科研合作与人才培养；与中科院城环所、浙江大学、南昌大学、厦门大学等国内研究机构和高校开展多方位教学与科研合作。

近年来，中心被授予全国结核病防治工作先进集体、全国消灭脊髓灰质炎先进集体、全国疫情管理先进集体、全国消除疟疾工作先进集体、全国巾帼文明岗等多项集体荣誉。

中心在市卫生健康委的正确领导下，在省疾控中心的业务指导下，高举习近平新时代中国特色社会主义思想伟大旗帜，贯彻“预防为主”方针，以推动我市疾控事业高质量发展为使命担当，以建设浙江省示范化疾控中心为目标，积极践行“为全市人民健康服务，为我市社会发展和经济建设服务”宗旨，抓住机遇、迎接挑战，创新驱动、转型发展，不断提高中心及全市疾控机构的管理效能和业务技术能力，积极推进数字化改革、科技创新和人才培养，强化基层业务指导，提升工作规范化水平，深入贯彻实施“健康舟山”建设和“两个先行”战略，为保障全市公共卫生安全、人民群众健康和经济社会发展作出更大的贡献。