生物医学研究院（Institutes of Biomedical Sciences，简称“IBS”）成立于2005年5月21日，细胞生物学和遗传学家贺福初院士受聘为研究院首任院长。2007年9月，遗传学家贺林院士受聘为研究院第二任院长。2013年至2016年3月，由常务副院长、分析化学家杨芃原教授主持工作。2016年4月，著名心血管病学专家、中国科学院院士葛均波出任生物医学研究院院长。2017年2月，中国科学院院士、国际知名的表观遗传学家徐国良出任生物医学研究院执行院长。
研究院2009年获批承担上海市疾病蛋白质研究技术服务平台、2016年被科技部认定为 “医学表观遗传与分子代谢国际科技合作基地”、2019年获批成立上海市医学表观遗传学重点实验室（2022年8月通过验收）以及上海市地方高水平建设项目支持的“表观遗传前沿理论及医学转化研究”战略创新团队。研究院的使命是创建”中国第一、世界一流的生物医学交叉学术研究机构”，已经在生物医学交叉学科领域形成“代谢与肿瘤的分子细胞生物学”、“医学表观遗传学”、“系统生物医学”三个优势方向，并正在努力拓展转化医学研究和精准医学研究，包括肿瘤代谢、肿瘤免疫、肿瘤诊断、心血管疾病、出生缺陷、靶点结构与活性小分子、组学与大数据、干细胞技术、肠道菌群、类器官芯片、显微成像、生物治疗与干预等，形成新的交叉学科生长点和下游技术。
研究院自成立以来，始终坚持人才引进与培养并举，大力推进高层次人才队伍建设，目前拥有一支高水平的创新人才队伍，先后有14位中国科学院院士、中国工程院院士在IBS科研团队中工作。全院教职员工中，现有全聘课题组组长（PI）近60人，其中包括中国科学院院士多名，国家杰出青年基金获得者11人，长江学者特聘教授5人，新基石研究员1名，国家重点基础研发计划、重大专项首席科学家10余人，青年长江学者5人，国家优秀青年基金获得者9人，其它国家高层次青年人才计划入选者20余人。
研究院成立至今，以第一作者（含共同第一作者）或通讯作者（含共同通讯作者）单位在国际顶尖杂志Nature、Science、Cell、New England Journal of Medicine上发表论文近30篇（近5年14篇），在Nature Genetics、Nature Biotechnology、Nature Cell Biology、Nature Chemistry、Nature Catalysis、Nature Methods、Nature Immunology、Cancer Cell、Immunity、Cell Metabolism、Molecular Cell、Dev Cell、Chem、Nature Chemical Biology、Nature Metabolism、Nature Microbiology、Science Translational Medicine、Cell Research、Chemical Reviews、Advanced Materials、JACS、Angew等国际高影响力杂志上发表研究性论文200多篇，研究团队在组蛋白修饰、表观遗传调控、非编码RNA、结构生物学、蛋白组学、表观遗传与代谢交互调控、肿瘤代谢、人类遗传疾病、化学生物学等领域在国内外具有广泛的影响力，研究成果先后入选“中国科学十大进展”（2010）、“中国高校十大进展”（2010）、“中国十大医学进展”（2016）、“中国生命科学十大进展”（2021）、中国2021年度重要医学进展（基础医学与生物学领域），牵头荣获教育部自然科学奖一等奖2项、上海市自然科学奖一等奖3项，两项成果入选国际权威教科书。2014年研究院通过国际评估，专家评论“相关领域的研究水平已经接近美国顶级生物研究机构”。
研究院的生物医学技术支撑平台以提供生物医学高端技术服务为目标，历经十七年的建设，已建成基因组与表观遗传学子平台、分子细胞学子平台、结构与药物子平台、蛋白质组学子平台、影像和形态子平台、生物信息学子平台。技术平台现有10万以上设备319台/套（其中40万以上大型设备88台/套），总值约3.18亿元；专业技术服务人员34人。2022年底，由研究院承担建设的复旦大学上海医学院公共技术平台已全面投入试运行阶段，面向校内外科研用户预约使用（网址：http://syfwpt.fudan.edu.cn/）。
近年来，研究院在保持好高水平基础研究的发展势头之上，还积极与复旦大学附属的多家高水平医院（包括复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属儿科医院等）进行深度合作，积极探索新形势下基础研究与临床科学问题相结合的研究模式，不断提升研究院转化研究水平。?