医院始建于1905年美国长老会创办的“仁济医院”。民国初期至1996年前为县级医院，1997年升格为地市级医院。2003年7月10日由政府主导，本着“靠大、靠外、靠强”的原则，加盟南京鼓楼医院集团，由金陵药业联合南京鼓楼医院收购宿迁市人民医院70％产权，宿迁市政府保留30％产权，医院更名为“南京鼓楼医院集团宿迁市人民医院”，是全国第一家地市级公立医院改制医院。医院2005年9月晋升为三级综合医院，2008年12月被评为三级乙等医院。2019年2月通过三级甲等综合医院评审。2021年7月12日，更名为“南京鼓楼医院集团宿迁医院”。
医院占地面积63240平方米，现有医疗用房建筑面积17.2万平方米。引进3.0核磁共振、256排螺旋CT、DSA等大型医疗设备，可为患者提供全面、便捷、精准的医疗服务。2013年，投资1.84亿元建成4.5万平方米外科楼，2020年，投入2.81亿元建成6.9万门急诊病房综合楼，改善了患者的就医条件。改制至今，累计在基建和设备方面的投入超过14亿元。
医院开放床位2000张，现有48个临床病区，17个医技科室，其中江苏省临床重点专科及建设单位3个，宿迁市临床重点专科及建设单位29个，宿迁市医学重点学科及建设单位13个，医院先后创建成为国家胸痛中心、国家脑防委高级卒中中心及中国创伤联盟创伤中心建设单位，江苏省危急重症孕产妇救治中心、江苏省区域胸痛、卒中、创伤救治中心，宿迁市胸痛、创伤、卒中、孕产妇及新生儿危急重症救治中心，宿迁市综合救援基地、宿迁市中毒救援基地。2020年12月，获批国家第三批住院医师规范化培训基地。
医院现有职工2026人、卫技人员1797人，全院高级职称371人、中级职称655人，硕士285，博士8人（在读17人），江苏省有突出贡献专家3人、江苏省333工程培养对象33人、市千名拔尖人才56人、苏北特聘专家4人。
2019年至今，我院获批江苏省科技厅项目1项，江苏省卫健委科研项目10项，江苏省中医药管理局项目2项，江苏省医院协会科研项目4项，江苏省妇幼保健协会科研项目2项，江苏省药学会科研项目7项，江苏省科协“青年科技人才托举工程”3项，宿迁市指令性项目33项，宿迁市指导性项目81项，徐州医科大学科技项目15项。荣获江苏省妇幼保健协会新技术引进奖三等奖1项，荣获中国医药教育协会科技奖三等奖2项，荣获淮海科学技术奖二等奖1项，三等奖2项。
医院不断加大软硬件的投入，加快发展步伐，强化科学管理，通过“互联网+”改善医疗服务，不断提高医疗质量和技术水平，强化医德医风建设，医教研等方面取得了长足性进步，同时注重对外进行医学技术和医院管理的交流，与美国、德国、加拿大、日本等国家的医疗机构建立了互派专家、学者访问、考察和进修等学术交流机制。医院先后荣获“全国百姓放心示范医院”、“全国模范职工之家”、“江苏省先进基层党组织”、“江苏省卫生系统先进单位”、“江苏省医保管理AAA级诚信服务单位”、“江苏省卫生行风先进单位”、“全国百姓放心医院百佳示范医院”、“江苏省平安示范医院”、“江苏省母婴安全优质服务单位”、“江苏省母婴友好医院”等荣誉称号。