昆明市中医医院始建于1956年，是一所集医疗、教学、科研、防保、康复、社区医疗等综合服务能力为一体的“三级甲等中医医院”、云南中医药大学第三附属医院、云南省中医名院、国家级中医药全科医师培训基地、国家级中医住院医师规范化培训基地、国家中医药管理局中医药优势学科（中医外科肛肠病学）继续教育基地、国家中医药管理局社区中医药知识与技能培训示范基地、国家中医药管理局农村中医药知识与技能培训示范基地、云南省中医药骨干医师培训基地、昆明市中医药制剂中心。曾荣获“全国卫生系统先进集体”、国家中医药管理局“示范中医医院”、“云南省中医药工作先进集体”称号。
医院现有三个执业点（东风东路院区、关上院区、呈贡院区），总占地面积：160亩，总建筑面积：16.5万平方米，编制床位1700张，目前开放1387张病床。
设有26个临床科室，11个医技科室，20个行政职能科室。现有在岗职工1439人，其中高职179人，博士、硕士研究生318名。医院设施设备齐全，有核磁共振仪2台、螺旋CT机5台、数字减影血管造影机1台、数字胃肠机2台，配备乳腺钼靶、骨密度仪及多种微创手术腔镜设备。医学检验中心配备生化分析仪、化学发光检测仪等检验设备，建有3套PCR负压实验室，开展240余项检验项目，可有效满足各项业务需求。
医院一直把中医特色专科专病建设作为事业发展的主线来抓，逐渐形成一批优势学科，现拥有国家、省、市级重点专科专病66个，其中国家临床重点专科1个、国家中医药管理局重点专科4个，云南省中医临床医学中心建设单位3个，云南省区域中医专科诊疗中心3个，云南省中医质量控制中心2个，云南省中医药临床重点学科2个，云南省中医重点专科6个，云南省中医特色优势专科4个。主导成立云南省中医骨伤、中医肺病、中医肛肠、中医康复共4个专科联盟。昆明市医疗质量控制中心9个。省级内设研究中心3个，市级内设研究机构（研究中心、技术中心）30个，昆明市科技创新团队5个，120急救站1个（昆明地区首家设立120急救站的中医医疗机构）。拥有全国中医学术流派传承工作室1个，云南省中医学术流派传承工作室2个，国家级、省级名医工作室9个，昆明市名中医工作室12个，呈贡区名医工作室3个，昆明市地方中医学术流派7个。治未病中心为国家中医药管理局“2013年中医药预防保健及康复临床服务能力建设单位”。
医院历来重视中医药继承工作，中医文化底蕴深厚，名医名家荟萃。有国家、省市级名老中医师承指导老师21名，享受国务院政府特殊津贴专业技术人员5名，全国名中医1名，全国青年岐黄学者1人，全国中医临床优秀人才7名，云南省有突出贡献的优秀专业技术人员4名，享受省政府特殊津贴8人，昆明市有突出贡献的专业技术人员13名，省、市荣誉名中医及名中医54名，获省市级学术和技术带头人及后备人选、昆明市卫计委“十百千”工程培养共170人次。
昆明市中医药制剂中心设备先进，管理规范，符合《医疗机构制剂配制质量管理规范》（GPP）要求，具备生产蜜丸、水丸、散剂、片剂等21种剂型的能力，列入医保用药目录的院内特色制剂75种。
面对新的机遇和挑战，医院将遵循中医药自身发展规律，传承精华、守正创新，坚持“特色立院、专科强院、创新兴院、开放活院、环境优院”的发展战略，秉承“究医术之精，谋大医之德”的院训，以学科建设为核心，深入实施“四名三专”（四名：名医、名队、名科、名院，三专：专病、专技、专方）工程，打造中医药诊疗新高地，实现医院高质量发展，为人类全生命周期健康服务做出新的更大的贡献。