西安交通大学口腔医院始建于1950年的国立西北医学院附属医院牙科专科门诊。1956年5月改名为西北医学院第二附属医院口腔科，同年9月改名为西安医学院第二附属医院口腔科，1958年成立了口腔科学系。1975年经国家教育部批准，建立了西安医学院口腔医学系”。1985年3月经国家卫生部批准，成立了西安医学院附属口腔医院，同年6月更名为西安医科大学口腔医院”，1991年成立了口腔医学院。2000年西安医科大学与西安交通大学合并，更名为西安交通大学口腔医院，2012年增名西安交通大学口腔医学院。经过几十年的发展，现已是西北地区唯一的国家卫生健康委委属委管的集医疗、教学、科研、预防保健为—体的大型三级甲等口腔专科医院。
医院学科门类齐全，是国内较早招收5年制口腔医学本科生的院校，目前拥有口腔医学专业学位博士点、口腔生物医学交叉学科博士点、口腔医学一级学科硕士点。医院拥有众多国家级、省级平台，是国家口腔区域（西北）医疗中心建设单位、国家药物临床试验机构资格单位、国家口腔住院医师规范化培训基地、国家专科（颌面外科）医师规范化培训基地、国家卫健委继续医学教育基地、国家口腔执业医师实践技能考试与考官培训基地、西北地区口腔医学专业师资培训中心、陕西省牙颌疾病临床研究中心、陕西省颅颌面精准医学研究重点实验室、陕西省口腔医疗质量控制中心、陕西省牙病防治指导中心及陕西省医师协会口腔医师分会挂靠单位等。
医院现有教职工937人，其中副高及以上职称100余人，博导12人、硕导27人，“三秦学者特聘教授1人，陕西省°杰青1名、陕西省“科技新星2人。国家级学会总任职达113人，常委及以上任职25人;国际牙医学院院士7人;核心期刊、国际期刊编委及以上任职总人数达44人。
在医疗服务方面，医院业务用房面积约3.3万m‘，牙科综合治疗椅460台，住院床位100张。院本部设有19个临床科室、6个医技医辅科室，院外设置了4个口腔专科门诊部（医疗执业延伸点）。医院年门诊量50多万人次，年收治住院病人2300余人次。口腔正畸科、牙周科为国家临床重点专科，颌面外科为陕西省重点学科，口腔内科、口腔修复科为陕西省优势学科。
医院坚持以患者为中心的理念，在全国首创了牙颌颜面发育管理中心”，形成了贯穿牙颌颜面发育全周期的口腔健康诊疗指导规范。在全国口腔专科医院中率先开展口腔家庭医生签约服务，现已突破1.3万家签约量。深化医疗服务模式创新，设立延时门诊，组建了儿童语言障碍特色诊疗专科口腔医学检测中心等新型临床科室;在国内独创了儿童牙颌疾病诊疗专科特需病房”，打造儿牙全麻西交模式;整合医疗资源，着力构建牙科疾病诊疗与颅颌颜面整形美容同时并举的特色口腔医疗服务体系。医院重视智慧医院建设，着力提升医疗卫生服务规范化、人性化、智慧化、便利化、特色化水平，已获批陕西省首张“互联网医院牌照”。
在教学方面，医院承担本科生、硕士生、博士生、留学生、住院医师规范化培训、专科医师规范化培训等多个层次的教学任务，同时还承担县级医疗机构骨干人才培训、适宜技术推广培训，各级专业学会、协会的继续教育培训项目等任务，开展从学历教育、毕业后教育、继续医学教育等不同层次的口腔医师人才培训。《牙体牙髓病学》、《口腔种植学》《口腔修复学》、《口腔正畸学》为省级—流本科课程，形成了以3门国家级一流课程、4门省级—流课程、2门国际在线和11门混合式课程为引领的线上、线下口腔课程库。口腔教学实验中心为国家虚拟仿真实验教学中心陕西省教学示范中心陕西省口腔医学虚拟仿真实验教学中心”。
在科学研究方面，口腔医学检测中心是集科研、教学和临床检验为一体的综合型、现代化医学实验与检测平台，总面积约4500m‘，包含口腔医学研究中心、医学检验平台、中国西部科技创新港“口腔与颅颌面研究所‘暨陕西省颅颌面精准医学研究重点实验室”，聘请了中国科学院王松灵院士担任重点实验室学术委员会主任。口腔医学检测中心可开展口腔微生物学、病理及生理学、细胞及分子生物学、蛋白和基因工程、组织工程、材料与力学等方面的研究，及免疫、生化、临检、疾病基因筛查、微生物培养鉴定等临床检验项目。
医院近五年共获批10项省、市级科技成果奖，各类科研项目立项157项，科研经费2760余万元，其中国家级科研项目30余项。近五年以第一完成单位发表学术论文343篇，其中SCI收录201篇;授权国家专利86项，其中发明专利26项。五年来软科排名由2017年全国第18名上升至2022年全国第12名，中国医院科技量值排名由2016年的全国第16名上升至2020年全国第10名。
在国际交流方面，医院秉承宽广的国际化视野，近年来先后与美国、德国、日本、挪威、加拿大、泰国以及香港、台湾地区学术团体及医疗机构建立了广泛的学术交流与合作。2019年通过泰国口腔医学委员会认证，成为国内首家通过泰国口腔医学委员会无条件认证的高校。疫情期间拓展了师生线上培训国际交流新模式，已经与加拿大阿尔伯塔大学、英属哥伦比亚大学开展了实质性合作;目前正在并积极争取与国际知名口腔医学院合办国际口腔医学院”，不断推进国际化进程。
医院始终坚持公立医院公益性，基于智慧化手段推进专科联盟建设，专科联盟签约单位达45家，形成了远程医疗协作网，促进分级诊疗及优质医疗资源下沉。2016年至今，医院先后派出6批援藏干部赴阿里地区人民医院开展医疗援藏任务，携手保卫平均海拔4500米以上的阿里人民的口腔健康。2010年起，先后向三坪村派驻7名驻村干部参与国家脱贫攻坚战、乡村振兴计划工作。同时，医院选派专家多次赴陕西镇巴县、吴起县、汉中市、安康市、宝鸡市，新疆乌鲁木齐市、宁夏银川市、甘肃兰州市、青海西宁市等等地开展对口支援帮扶工作。
全院教职工将牢记国家队的使命与担当，不断推进°研究型智慧医院建设，力争成为本地区“最受信赖的口腔医院，及“名医名师荟萃、服务对象信任、学科同行认可的国内一流口腔医学院;为建成国际一流口腔健康服务中心而努力，为全球口腔健康科学发展贡献价值。