新疆医科大学第二附属医院位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，是一所集医疗、教学、科研、康复、预防、保健于一体的省级综合型三级甲等医院。前身为1954年建立的“新疆军区生产建设兵团第一医院”，1975年更名“新疆维吾尔自治区第二人民医院”，1978年更名“新疆医学院第二附属医院”，1998年更名“新疆医科大学第二附属医院”，2002年挂牌“新疆医科大学第二临床医学院”。医院现址为乌鲁木齐水磨沟区南湖东路北二巷38号，医院占地面积26亩，总建筑面积103447.61平方米，编制床位数800张、设置临床科室60个、医技科室14个、教研室15个。3个社区卫生服务中心含新疆医科大学校医院（河马泉新区社区卫生服务中心）和南湖南、南湖北社区卫生服务中心。
现有1个国家级临床重点专科，12个自治区临床重点专科，4个院内重点学科，6个院内培育学科，1个国家博士后科研工作站、自治区神经系统疾病研究重点实验室，11个学科具有博士培养资质，24个学科具有硕士培养资质，14个专业获批国家级住院医师规范化培训基地，是国家药物临床试验机构（GCP）。近几年，医院以党的政治建设为统领，以三级公立医院绩效考核为导向，以学科建设为抓手，以人才队伍建设、技术创新、信息化建设为支撑，整合优势资源申报国家神经疾病区域医疗中心（中南大学湘雅医院新疆医院）项目，已被国家发改委、自治区列为“辅导类”项目。
目前，医院拥有国家级、自治区级、校级各类医疗中心15个，分别是国家卫健委“神经外科建设中心”、国家级高级卒中中心、胸痛中心、全国帕金森病及运动障碍疾病高级中心、神经系统疾病临床医学研究中心、新疆耳聋防治及听力重建中心、新疆关节及周围神经疾病诊疗中心、国家精神心理疾病临床医学研究中心（新疆分中心）、国家老年疾病临床医学研究中心（新疆分中心）、同济大学附属同济医院盆地疾病诊治与培训中心（新疆分中心）、中南大学湘雅医院远程病理新疆区域中心、新疆医科大学重点培育的神经脑科临床诊疗中心、心脏康复中心、康复中心、睡眠中心等。
现拥有“外科基础技能提升项目培训基地”、全国神经内科各类重症疾病诊治资格基地、外科基础技能提升项目培训基地、全国脑血管健康管理物联网新疆基地4个基地。是国家神经系统疾病临床医学研究中心-神经系统疾病专科联盟、国家心脑血管疾病联盟、中国帕金森防治联盟、西部帕金森防治联盟、中国e帕联盟-帕金森病慢病管理平台成员单位、帕金森病专科全国标准化中心和国家老年疾病临床医学研究中心老年综合评估与管理指导等联盟成员单位。
医院不断拓展医学领域网络，与疆内60余家医院签订医联体合作协议，建立神经变性疾病、脑血管病、神经重症等亚专业的新疆神经脑科中心品牌。
医院先后荣获全国“进一步改善医疗服务行动计划示范医院”“公立医院高质量发展典型案例奖”、自治区疫情防控先进集体、“全国百姓放心示范医院”、全国宣传工作“先进集体”等荣誉称号，国家卫健委改善医疗服务突出贡献工作者1人、全国“白求恩式”好医生1人、全国名中医1人等荣誉。
医院始终坚持“生命至上、人民至上”，彰显医者仁心和医院公益性，不断提高医疗卫生服务质量水平，全面提升患者就医满意度，推进医院高质量发展，着力建成“西部领先、国内一流、辐射中亚”的国家区域医疗中心，为增进各族人民健康福祉、建设健康新疆做出新的更大的贡献。