云南大学附属医院始建于1928年，原名万国红十字会昆明分会医院，1938年抗战期间作为南迁来昆的上海同济大学医学部教学医院，1945年春，改建为昆明市红十字医院，1962年更名为昆明市第三人民医院，1969年，医院整体搬迁至曲靖，更名为8511医院，1973年，在昆明重建昆明市第三人民医院，1975年，更名为云南省肿瘤医院（筹备组），1979年更名为云南省红十字会医院，1996年经云南省卫生厅批准更名为云南省第二人民医院，2020年经中共云南省委机构编制委员会办公室批准，划归云南大学管理，为云南大学直属附属医院，更名为云南大学附属医院（云南省第二人民医院、云南省眼科医院）。
医院占地面积52亩，编制病床1158张，现有教医护职工2200余人，高级卫生技术人员200余人；学科设置齐全，共有47个临床医技科室、30个行政职能科室。
医院现有普通外科、康复医学科2个国家临床重点专科，6个云南省临床重点专科，3个省级临床医学中心建设项目，2个省级临床重点专科培育项目，2个省院共建临床重点专科；医院是国家药物临床试验机构，目前有5个国家级培训基地；4个云南省医疗质量控制中心；8个云南省专家工作站；8个省级临床中心和基地；云南省急诊急救专科护士培训基地。
医院承担临床医学专业本科、硕士及博士三个层次的教学任务，现有博士生导师6名，硕士生导师61名。担任全国高等医学院校国家“十一五”、“十二五”五年制医学本科规划教材《传染病学》第七、八、九版、“十三五”国家卫生计生委全国高等医学院校英文版教材《InfectiousDiseases》第二版及《外科学》编委。
医院近10年来承担了国家“十二五”、“十三五”国家科技重大专项2项，国家自然科学基金23项，省级科研项目155项。现有3个云南省科技创新团队，1个云南省重点实验室和云南省眼部疾病临床医学中心，5个云南省医疗卫生单位内设机构；现有云南省中青年学术技术带头人10人，云南省医学领军人才5人，云南省医学学科带头人8人，云南省医学后备人才17人。
医院秉承“人道、博爱、奉献”的传统，以“关爱生命，患者至上”为医院的宗旨和核心价值追求，定位于“服务优质、特色鲜明、专长突出、综合全面”，历经90年的风雨历程，现已成为一所集医疗、教学、科研、健康保健为一体的省级现代化三级甲等综合医院。