南京同仁堂药业有限责任公司（南京同仁堂制药厂）位于美丽的雨花台风景区西麓，是南京市**一家以现代科技生产古方传统品种和综合新剂型，集科、工、贸为一体的中药大型企业，一九九五年被国家内贸部授予"中华******"的荣誉称号。
南京同仁堂药业有限责任公司（南京同仁堂制药厂）历史悠久，其前身是北平同仁堂京都乐家老铺南京分号，于1926年在南京开业,1955年更名为公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司，1957年定名为南京同仁堂制药厂。1998年，改制组建南京同仁堂药业有限责任公司。
2000年按国家行业管理的要求，公司投资巨资进行GMP改造，引进了****的片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液等剂型的生产线。2002年11月，全公司九个剂型性通过国家GMP认证，开创了全国中成药行业GMP认证之先河。技术改造，加快了企业科技发展步伐，使中成药的技术含量得到提升。
公司目前拥有南京医药同乐药业有限公司、南京同乐机械厂、南京保健滋补品厂、南京同仁堂乐家老铺大药房，营销网络遍布除新疆、西藏、内蒙以外的全国各省、市。
改革开放以来，企业紧跟时代步伐，抓技术创新，百年老企业，焕发出勃勃生机。良好的产品结构为企业的发展注入了无限的活力。
"炮制虽繁，必不敢省人工；品味虽贵，必不敢减物力"，这是同仁堂传承百年的古训；"以人为本，以干取胜，以德兴业，以实扬名"，则是企业奉行的准则。公司生产的产品在历年的市场抽查中，合格率均为，企业多次荣获省、市管理企业、文明单位、南京市先进集体的荣誉称号。
2017年8月18日正式引进哈尔滨市南岗区。