白城医学高等专科学校建于1958年，当时隶属省卫生厅。1962年下放地方并调整为中专。1985年以来先后与原白求恩医科大学等三所高校开展联合办学。1998、1999年先后晋升为省部级重点校、国家级重点示范校。2001年与吉林大学共建吉林大学白城医学院，2002年白城粮食学校并入，2004年经教育部批准恢复专科学校。同年6月，原白城铁路医院划归学校作为附属医院。2011年12月经省政府批准上划省管，成为吉林西部、大兴安岭南麓片区唯一一所省属医学类高等专科学校。

学校设有护理学院、口腔医学院、医学技术学院、临床医学院、药学院、康复医学院、中医学院、眼视光学院、医学美容学院、基础医学院、公共教育学院、马克思主义学院、信息化学院、继续教育学院共14个学院。开设临床医学、预防医学、口腔医学、中医学、针灸推拿、护理、助产、药学、中药学、医学检验技术、医学影像技术、康复治疗技术、眼视光技术、医学美容技术等27个专业。

学校面向全国25个省（市、自治区）招生，建校65年以来，共为社会培养输送了近7万多名医药卫生人才，毕业生深受用人单位满意。

2021年，学校党委提出了“一创三建”总体目标，开启了全面申建医学本科大学的新征程。学校先后荣获省精神文明建设工作先进单位、省军（警）民共建精神文明先进单位、省级花园式学校、绿色生态校园和吉林省劳动模范集体、教育系统创先争优活动先进集体、吉林省文明单位、全省招生工作先进单位等荣誉。2016年被评为吉林省首届黄炎培职业教育优秀学校。2017年获批国家级职业院校数字校园建设实验校。2018年荣获高等职业院校现代学徒制试点校、吉林省高教科研工作先进单位。2019年，荣获首批全省党建工作示范高校、吉林省现代职业教育改革发展示范校、吉林省“三全育人”综合改革试点高校、中华职教社改革创新实验校。2020年，荣获国家级“模范职工之家”、获批省级“双高”校。2021年7月荣获“吉林省先进基层党组织”称号，是全省唯一一所获此称号的高职高专院校。2022年学校获评吉林省文明校园，全国文明校园创建先进单位。